アレルゲン（Allergen）とはアレルギー疾患を持っている人の抗体と特異的に反応する抗原のことをいいます。一般には、そのアレルギー症状を引き起こす原因となるものを言いますが、感作はされているが具体的な症状があるわけではない人においても、その抗体と反応する抗原もアレルゲンと呼びます。
さらに広義には、それに対するアレルギー患者が多いなどアレルギーの原因によくなり得る物質のことです。
正確には抗体と反応してアレルギーを引き起こす物質（抗原）そのものを指しますが、その抗原を含んだ物質（食品など）を指すことも多い。
たとえばスギ花粉症におけるアレルゲンは Cry j 1（クリジェイワン）などの花粉に含まれるタンパク質が同定されていますが、一般にはスギ花粉症のアレルゲンはスギ花粉として認識されています。
アレルギー物質ともいいます。（とくに、上記の「アレルギーの原因によくなり得る物質」のことや、「アレルゲンを含んだ物質」の意でそう呼ばれる）。
免疫反応のひとつである抗原抗体反応における抗体をアンチボディ（ antibody ）、抗原をアンチゲン（ antigen ）といいますが、アレルゲンとはアンチゲンとアレルギーとを合成した造語です。
アレルギーという疾患（メカニズム）の提唱者であるオーストリアの小児科医フォン・ピルケーがそのように呼んだのがはじまりのようです。
